تم التوقيع على معاهدة جماعة شرق أفريقيا في 30 نوفمبر 1999 في أروشا، تنزانيا من قبل رؤساء الدول الأعضاء الخمس - بوروندي ورواندا وأوغندا وكينيا وتنزانيا - الذين يشار إليهم في المعاهدة بالدول الشريكة في الجماعة. تنص المادة 9 من معاهدة EAC على إنشاء محكمة عدل لشرق إفريقيا (EACJ).

تتمثل المهمة الرئيسية لـ EACJ في ضمان امتثال الدول الأعضاء فيها لأحكام معاهدة EAC والميثاق الأفريقي لحقوق الإنسان والشعوب وأي صك آخر للاتحاد الأفريقي وقعت عليه.

ليس لدى EACJ أي متطلبات للمقبولية؛ وبالتالي، تتمتع الدولة الشريكة المتظلمة بإمكانية الوصول المباشر إلى المحكمة. هدف المحكمة هو تعزيز الوحدة واحترام حقوق الإنسان في منطقة شرق أفريقيا.