Lors de la 3ème Session ordinaire de l’Assemblée des chefs d’Etats et de gouvernement de l’Union Africaine (UA) tenue en juillet 2004, une résolution sur le siège des organes de l’UA a été adoptée. La décision la plus remarquable était celle qui décidait de la fusion de la Cour africaine des droits de l’homme et de la Cour de justice en une seule Cour, la Cour africaine de justice et des droits de l’homme (CAJDH).
L’argument principal avancé en faveur de cette fusion était l’absence de financement et de personnel pour faire fonctionner les deux Cours séparément. De plus, l’une des raisons ayant milité en faveur de la fusion de la Cour africaine des droits de l’homme et de la Cour de justice était le souci d’éviter la situation auquel fut confronté à une certaine époque le système européen des droits humains. En effet, la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l’homme et celle de la Cour européenne de justice ont à un moment donné émergé simultanément donnant lieu à deux corpus indépendants de jurisprudence des droits de l’homme. La fusion des deux Cours permettrait d’éviter qu’elles travaillent dans des directions opposées, l’une empiétant sur la compétence de l’autre.
La raison principale de la fusion des deux Cours est la volonté de l’Union africaine de mettre en place une Cour régionale effective et disposant des ressources nécessaires pour défendre l’Etat de droit, la dignité humaine et les droits de l’homme.