Près de 100 000 Mauritaniens noirs furent déportés de force au Sénégal et au Mali par le gouvernement mauritanien après que leur soit retirées leurs preuves de citoyenneté. Ces expulsions eurent lieu dans un contexte de profondes tensions ethniques entre les Mauritaniens de descendance arabes et sub-sahariennes. Les déportés furent condamnés à la précarité et la marginalisation dans leur pays d’exil. En 1991, la Commission a reçu une série de communications de la part des expulsés. L’IHRDA s’est impliqué dans la poursuite de ces communications, qui faisaient état de plusieurs violations de la Charte africaine, incluant des exécutions sommaires, et l’incapacité du gouvernement à faire face aux problèmes d’esclavage et d’expulsions de masse.
En 2000, la Commission a déclaré que les réfugiés avaient été déportés de manière arbitraire, et que leur nationalité leur avait injustement été retirée. La commission a donc recommandé au gouvernement mauritanien « de prendre des mesures diligentes en vue de la restitution de leurs pièces nationales d’identité aux ressortissants mauritaniens auxquelles celles-ci ont été retirées au moment de leur expulsion, d’assurer le retour de ces derniers en Mauritanie, ainsi que la restitution des biens dont ils ont été spoliées au moment de ladite expulsion et de prendre des dispositions nécessaires en vue de la réparation des dommages subis par les victimes des événements susmentionnés. ». Ces recommandations n’ont pas été encore entièrement implémentées.
